MSC-sertifioitu kalastus rakentuu kolmen tärkeän periaatteen varaan:
Kestävät kalakannat. Kalastuksen täytyy pysyä sellaisella tasolla, että mereen jää riittävästi kalaa, jotta kalapopulaatiot pystyvät uudistumaan. Jokaisen sertifioidun kalastuskunnan on toimittava siten, että kannat kestävät kalastusta myös tulevaisuudessa.
Ympäristövaikutusten minimointi. Kalastustoimet tulee toteuttaa siten, että koko niissä hyödynnettävien ekosysteemien rakenne, tuotantokyky, toimintakyky ja monimuotoisuus on turvattu.
Kalastuksen toimiva ohjaus. Kalastusyhteisön täytyy noudattaa kaikkia paikallisia, kansallisia ja kansainvälisiä lakeja ja sillä tulee olla vastuullinen toimintatapa sekä kyky reagoida muuttuviin olosuhteisiin ja siten ylläpitää kestävää luonnonvarojen käyttöä.